Ich habe jetzt mal nachgeschaut: Eigentlich ist es ganz einfach. Man braucht nur Protontricks. Das sollte im Desktop-Modus downloadbar sein. Nach der Installation und einem Neustart (ganz wichtig), sollten jetzt EXE-Dateien per Doppelklick ausführbar sein bzw. wird dir angezeigt, dass du die EXE per Protontricks starten kannst.
Ok, die Reihenfolge ist jetzt: Steamspiel installieren + 1x starten (oder ein steamfremdes Spiel hinzufügen), danach den Patch per Protontricks ausführen und dann den Prefix vom Spiel wählen. Der Installer vom Patch sollte nun starten. Das richtige Verzeichnis vom Spiel auswählen (zum Beispiel Z:/home<User>/.steam/Steam/common/<Steam-Spiel>) - der Installer sollte funktionieren und wenn der Prefix stimmt, dann werden auch die entsprechenden Registry-Einträge richtig gesetzt.